Od roku 2013 spolupracujeme s Loschmidtovými laboratořemi PřF MU. Společně jsme přemýšleli nad novým způsobem hodnocení transportních procesů v proteinech. Konkrétně situací, kdy malá molekula musí před interakcí s proteinem projít jeho tunelem.

Vědci se při využívání již existujících metod potýkali s negativními aspekty, jako je časová a výpočetní náročnost v hodnocení energie transportu nebo potřebnost expertního nastavení. Naší snahou bylo vyvinout nástroj a metodu, která tyto aspekty eliminuje a získá validní data.

Odpověď jsme nalezli v iterativním dokování molekuly v tunelu proteinu. Navrhli jsme metodu dokování s omezujícími podmínkami, které umožňují najít spojitou trajektorii molekul a ohodnotit právě energii transportu. Postup je zároveň méně náročný na výpočetní zdroje a nevyžaduje složitou konfiguraci. Současně jsme vyvinuli nástroj CaverDock, ve kterém je metoda volně k dispozici vědecké komunitě.

Na projekt jsme získali finance ze speciálních grantů MU.